1942年，对南洋丰富资源觊觎已久的日本疯狂推行南进计划。立足刚稳，日军就勒令所有居民必须更换日本颁发的“身份证明书”，收取每人2.5盾登记费，而当时1公斤白米还不到0.3盾。此后不久，日军又强行封掉所有商店，登记各种商品并贴上封条，由日军“官价”收买，不许私人买卖，一切物资都凭票供应。 日军还在印尼大肆抓人强征“兵补”。吕茂荣的父亲当年被抓去修建飞机场，每天在日军刺刀下工作12小时，稍有反抗，便遭拳打脚踢或全身被涂满沥青在烈日下暴晒。蓝贵良回忆说，当时锡矿公司万名华工被日军抓去开采石油，每天只发一杯米，根本不够吃，天天都有人饿死累死，吃的青菜中还有石油味，很多人腹泻而死。
　　
　　早在进军印尼前，日军就已把踊跃捐款支持中国抗战，号召抵制日货的印尼华侨视为眼中钉，秘密派特务将他们的资料一一登记。日军占领印尼后，便大肆搜捕进步人士和华侨领袖，有542人被关进西泠集中营和芝马墟集中营，大多数人被投入硝镪水池中，尸骨无存。

　　为达到“分而治之”的目的，日军到处散布华人是“支那狗”、“吸血鬼”，只有“皇军”和印尼才能“共荣共进”。在华人聚居的西加里曼丹省，日军对华侨成立的抗日组织先后展开三次大屠杀，估计被害华人达21037人。

　　1945年5月，日军眼看大势已去，宣布成立“印尼独立筹备委员会”。日本人当时抱着宁可默许印尼独立，也不给荷兰人的心态，希望为日后继续在印尼谋取经济利益埋下伏笔。同时他们担心华侨的影响，蓄意加剧当地居民与华人的矛盾。战后，印尼宣告独立，荷兰军队企图重新控制印尼，双方发生武装冲突。当时荷兰军队控制的地区，要求华人组织保安队自卫。于是日军和印尼极端集团就借机煽动“华人亲荷兰”的敌视情绪，日军甚至蓄意制造凶杀案，诬蔑是华人所为。于是印尼许多地区掀起排华大浪潮，烧杀抢劫华人住家商店。